土壤污染生态组面向国家土壤生态环境保护和国家农业绿色发展等生态文明建设的重大需求，聚焦研究所主责主业，开展基础科学研究及技术攻关，以土壤-植物系统为主要研究对象，开展土壤污染风险控制、修复技术及安全利用模式等研究，为土壤生态环境保护和农产品安全及质量提升提供科学依据和技术支撑。十四五期间，课题组将主要开展农田污染土壤修复、污染物土壤-植物系统迁移过程及阻控、新型污染物生态风险与调控机制、黑土环境质量评价、土壤保护技术与功能农业技术研发等方面的科学研究，以基础科学研究为支撑，以技术攻关为主要发展目标，为国家农业生态环境及土壤质量保护和提升提供技术基础。建组以来，课题组曾经得到国家973项目、863课题、国家重点研发课题、中国科学院美丽中国专题等科技项目支持，获得4项省部级以上奖励。目前学科组共有研究员4人，副研究员1人，特别研究助理1人。