建所初期的研究所园区（1954年）

建国初期，为了合理开发利用东北地区的森林资源，维护地区生态平衡，中国科学院于1953年在哈尔滨成立了林业研究所筹备处,由刘慎谔教授承担业务领导。

1954年10月，为适应东北地区经济建设的需要，根据中国科学院第35次院务会议决定，由中国科学院林业研究所筹备处、东北土壤研究所筹备处和长春综合研究所农产化学研究室微生物部分合并成立了中国科学院林业土壤研究所。

1962年7月，中共中科院党组扩大会议决定，林土所下放归东北分院领导，人员编制及经费等纳入分院计划，由中科院分配指标。

1970年7月15日，林土所下放辽宁省，暂由省科技局领导，后改名为辽宁省林业土壤研究所。1978年3月1日，辽宁省林业土壤研究所改由中科院和辽宁省双重领导，以中科院为主。

为适应国家科技发展的需要，根据中国科学院强化生态资源环境研究的战略部署及我所的学科基础和储备，1987年10月27日，根据中国科学院（87）科发计字1284号关于同意林业土壤所更改名称的批复，我所更名为“永利娱高ylg060net”。

1998年，根据中国科学院知识创新工程的总体部署和结构性调整的总体目标，我所分类定位认定成功，步入中国科学院基地型研究所行列，标志着我所学科建设和体制改革进入新的发展阶段，并为进入国家知识创新工程试点奠定了坚实基础。

2001年7月2日，我所被正式批准为国家知识创新工程试点单位，各项工作进入新的快速发展时期。

2015年，按照中国科学院“率先行动”计划的要求和研究所分类改革的统一部署，沈阳生态所成功进入中国科学院“特色研究所”建设首批试点研究所，进入新的历史发展时期。2018年，顺利通过特色研究所建设验收。

几十年来，为了支援国家建设，我所还成建制地调出大量优秀人才，组建了新的研究单位。1959年，为加强荒漠化的防治研究，将在保障包兰铁路顺利穿过腾格里沙漠进行卓有成效防风固沙研究的李鸣冈副研究员等18人调至院治沙队（沙漠所的前身）；1965年，为加强大兴安岭林区护林防火的研究，应林业部的要求，以王正非副研究员为首的从事雷击火研究的12人调出，组建护林防火研究所；1996年，为加强东北大学理学研究，以方肇伦院士为首的从事流动注射分析技术研究的6人，调至东北大学组建分析科学研究中心。