大青沟站现按照CERN规范对水分、土壤、大气、生物进行监测，重点对综合观测场、辅助观测场、站区调查点等场地进行调查和样品分析工作。此外，大青沟站开展了特色监测——林冠尺度上樟子松生产力和健康状况的特色监测（塔基日光诱导叶绿素荧光观测）。目前，已成功于大青沟站综合观测场以及章古台辅助观测场分别建成塔基SIF观测平台，观测样地均为100 m × 100 m，塔高30 m，25 m平台用于存放SIF设备，观测直径为93 m，观测面积约为6789 m²。

l  水分观测

土壤水分含量、枯枝落叶层含水量、地下水水质等。

l  土壤监测

表层速效养分，表层土壤养分、表层容重、剖面土壤养分全量、容重等。

l  气象监测

气压、气温、湿度、风向、风速、地表温度、地温、降水、总辐射、反射辐射、净辐射、光合有效辐射、紫外辐射、时日照时数等。

l  生物监测

植物群落种类组成与分层特征、叶面积指数、林地凋落物回收量季节动态、林地凋落物现存量、各层优势植物和凋落物的元素含量与能值、微生物等。